La Directiva hija 2006/118/CE del 12 de diciembre de 2006 abarca la protección de las aguas subterráneas tanto desde un punto de vista cuantitativo como cualitativo. Su objetivo es establecer criterios para la evaluación del estado químico bueno de las aguas subterráneas. La definición de este estado bueno se basa, por una parte, en la existencia de normas de calidad comunitarias (para los nitratos, pesticidas y biocidas) y, por otra, en la identificación de los contaminantes y de sus valores límite que caracterizan las masas de aguas subterráneas consideradas “de riesgo”.